Cụ thể, ở cấp tỉnh: các thành viên thường trực ban chỉ đạo hưởng phụ cấp mức 0,6; các thành viên khác của ban chỉ đạo 0,4; chánh, phó văn phòng điều phối 0,6; cán bộ chuyên trách được biệt phái đến làm việc trực tiếp tại văn phòng điều phối (không bao gồm cán bộ kiêm nhiệm) vẫn giữ chế độ lương, phụ cấp chức vụ (nếu có) của cơ quan cũ và được hưởng phụ cấp: 0,4; các thành viên kiêm nhiệm: 0,3.
Ở cấp huyện, trưởng, phó ban chỉ đạo: 0,5; thành viên khác của ban chỉ đạo: 0,3; trưởng, phó tổ điều phối: 0,3; cán bộ chuyên trách được biệt phái đến làm việc vẫn giữ chế độ lương, phụ cấp chức vụ (nếu có) của cơ quan cũ (trước khi biệt phái) và cán bộ kiêm nhiệm tổ điều phối cấp huyện được hưởng mức phụ cấp: 0,2.
Đối với cấp xã, trưởng, phó ban chỉ đạo: 0,3; các thành viên kiêm nhiệm của ban chỉ đạo: 0,2; cán bộ chuyên trách nông nghiệp kiêm nhiệm công tác xây dựng nông thôn mới, giúp việc ban chỉ đạo, ban quản lý xã được hưởng mức phụ cấp 0,3. Ở cấp thôn, trưởng, phó ban phát triển thôn: 0,2; các thành viên khác: 0,1.
Các hệ số phụ cấp đặc thù nêu trên tính theo mức lương cơ sở hiện hành do Chính phủ quy định và được chi trả hằng tháng.